Dos años más tarde, el Juzgado Segundo de Cundinamarca lo condenó a 24 años de cárcel como supuesto determinador de la muerte de Luis Carlos Galán Sarmiento, sucedida 20 años atrás. En la misma sentencia ordenaba pagar la suma de mil 725 millones de pesos a la familia del candidato presidencial y 231 millones a la del escolta Santiago Cuervo Sánchez, quien murió en estos hechos en la plaza de Soacha.

Esta sentencia fue revocada por el Tribunal Superior de Bogotá el 22 de octubre de 2008, que dejo libre a Santofimio, al no darle crédito al a los testigos y pruebas que existían, entre ellas, las declaraciones de John Jairo Vásquez, alias "Popeye ". Luego este proceso en casación ante la Corte Suprema de Justicia, donde el considerado jefe del cartel de la toga Leonidas Bustos fue ponente, revocó la sentencia del Tribunal Superior que había dejado libre a Santofimio, y dejó en firme la sentencia inicial.

Este fallo ha sido cuestionado y considerado más político que jurídico por juristas especializados en estos casos, y siempre ha estado asociado a las campañas políticas de la familia Galán.

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Ahora, en este nuevo episodio Santofimio se encontraba cobijado con el beneficio de casa por cárcel, pero no había podido cancelar la millonaria suma establecida en la sentencia y en las últimas horas agentes del CTI llegaron a su casa al norte de Bogotá y lo condujeron de nuevo a prisión.

Según medios de prensa y círculos políticos, esta nueva detención sería producto de triquiñuelas electorales que hacen prever que se trataría de una estrategia para que Carlos Fernando Galán, aspirante a la alcaldía de Bogotá, consiga votos, mientras otros piensan que a la avanzada edad de Santofimio y su estado de salud, es una arbitrariedad que comete la juez de ejecución de penas que tiene en su manos el proceso del exdirigente liberal tolimense.